L'ATA S.p.A. trae le sue origini dall'A.M.N.U. (Azienda Municipalizzata Nettezza Urbana), che era stata costituita nel 1974 con delibera del Consiglio del Comune di Savona n. 399/74. L'Azienda Municipalizzata ha iniziato ad operare sul ciclo completo del servizio di nettezza urbana dal 1975 con attività  di spazzamento, raccolta e trasporto rifiuti e la gestione della discarica di Cima Montà  di proprietà  del Comune di Savona. Negli anni successivi l'Azienda ha sviluppato le sue aree di intervento nel settore delle raccolte differenziate, della pulizia delle caditoie delle acque bianche e dei servizi in conto terzi.

Sulla spinta della legge 142/90, che ha riformato profondamente il sistema delle autonomie locali, il 1° febbraio 1997 il Comune ha trasformato l'A.M.N.U. in Azienda Speciale dotata di personalità  giuridica con la denominazione di A.T.A. Azienda Tutela Ambientale. In sede di costituzione il Comune di Savona ha conferito ad A.T.A. tutti i beni che erano in dotazione all'A.M.N.U. con l'aggiunta della discarica di Cima Montà .

Il 27 luglio 2001 il Consiglio Comunale di Savona, con deliberazione numero 49, ai sensi dell'articolo 115, del decreto 18 agosto 2000, numero 267, sancisce la trasformazione di A.T.A. Azienda Tutela Ambientale, in ATA Società  per Azioni, partecipata inizialmente al 100% dal Comune di Savona. Successivamente il Comune di Savona è sceso all'85% a seguito dell'ingresso del Comune di Vado Ligure che ha acquisito il restante 15%.

ATA S.p.A., ha subito varie trasformazioni determinate dall'applicazione delle normative vigenti, ma principalmente ha modificato la propria struttura per trasformarsi, nel corso degli anni, da una municipalizzata monoservizio ad una Società  per Azioni multiservizi.

ATA S.p.A. aderisce a Impatto Zero, l’innovativo progetto ambientale di Lifegate, piattaforma per il mondo eco-culturale impegnata a favore dell’ambiente. Con Impatto Zero^®, dal 2002, centinaia di aziende valutano e compensano le emissioni di anidride carbonica che gravano sull’ambiente

Nel 2004 l'Azienda, da sempre orientata alla qualità e al miglioramento continuo, ha intrapreso l'iter di certificazione del proprio Sistema di Gestione per la Qualità  secondo la norma internazionale UNI EN ISO 9001:2000 e quello della certificazione del Sistema Gestione Ambientale secondo la norma UNI EN ISO 14001/2004.

ATA S.p.A. ha ottenuto nel novembre 2004, dalla Regione Liguria, nell'ambito del Docup Obiettivo 2 2000-2006 - misura 2.3 - Sviluppo fonti energetiche rinnovabili e risparmio energetico, un finanziamento del 40 % dell'importo ammissibile per la realizzazione di un impianto solare termico per la produzione di acqua calda sanitaria, presso l'ottavo livello della sede aziendale di Via Caravaggio 13 a Savona.